L’origine de ce complexe de bâtiments remonte à une donation faite en 1187 à l’Ordre de Saint Jean de Jérusalem par Gerardo, archevêque de Ravenne, d’un terrain sis au lieu-dit Fossaputrida pour construire une église et un couvent.
Les modillons en pierre d’une arche à la base du clocher détruit, le cloître qui semble être en grande partie celui d’origine, quelques traces d’une fresque réapparue en 1957 lors de restaurations à l’extérieur de l’église sont les plus anciens vestiges de ces lointains fois.
Les multiples restaurations qui ont eu lieu à diverses époques ont certes modifié l’aspect des édifices, mais pas leur structure fondamentale. La représentation la plus ancienne nous est donnée par la célèbre carte de Venise tracée par Jacopo de ‘Barbari en l’an 1500. Dans la gravure sur bois de cet artiste, diligent et fidèle à reproduire la réalité, l’église et le couvent de San Giovanni del Tempio peuvent être vu dessiné. , alors de Malte, dans l’aspect planimétrique et volumétrique qu’ils conservent encore aujourd’hui.
Le bâtiment prieuré jouxte l’église qui conserve encore la structure d’origine qu’elle avait au début du XVIe siècle : au centre se trouve la cour, entourée sur trois côtés par le cloître, avec la tête de puits et l’escalier menant à la salle des archives. .
L’Ordre possédait autrefois toutes les maisons donnant sur la Corte di San Giovanni di Malta, sur la Calle dei Furlani et aussi celles de Campo delle Gatte qui étaient adjacentes au jardin, qui occupe une superficie d’environ trois mille mètres carrés et est probablement aujourd’hui le plus grand de ceux encore privés dans le centre historique de Venise.
Jusqu’à la fin du XVIIIe siècle, certains Grands Prieurs vivaient dans le palais et – lorsqu’ils n’y résidaient pas – un lieutenant qui réunissait souvent les fonctions de Receveur et de Ministre auprès de la République de Venise. C’est ici que se déroulaient les réceptions officielles des Ministres de l’Ordre, selon une cérémonie spéciale.
