Nel 1794 il celebre organaro Gaetano Callido (1727-1813) rifece integralmente l’organo presente ab antiquo nella Chiesa Gran Priorale, che era stato già restaurato nel 1685.
Nel 1843 grazie alla munificenza dell’Arciduca fra’ Federico d’Austria-Teschen, Cavaliere Professo dell’Ordine di Malta, fu restaurato ed ampliato da Angelo Agostini (1809-1890). Un ulteriore restauro è stato eseguito nel 1958 con l’aggiunta di un ventilatore elettrico.
L’organo dispone oggi di una serie inconsueta di pregevoli registri e conserva ancora la teoria di canne settecentesca.