En 1794, le célèbre facteur d’orgues Gaetano Callido (1727-1813) refait complètement l’orgue présent ab antiquo dans la grande église prieurérale, qui avait déjà été restaurée en 1685.
En 1843, grâce à la munificence de l’archiduc Fra’ Federico d’Austria-Teschen, chevalier profès de l’Ordre de Malte, il a été restauré et agrandi par Angelo Agostini (1809-1890). Une autre restauration a été effectuée en 1958 avec l’ajout d’un ventilateur électrique.
L’orgue possède aujourd’hui une série inhabituelle de registres précieux et conserve encore la théorie des tuyaux du XVIIIe siècle.