L’ambiente più importante e caratteristico del palazzo è il salone dell’archivio, molto vasto e di aspetto solenne. Alle pareti, in grandi scaffali, è custodito l’archivio del Gran Priorato con documenti di grande interesse, il più antico dei quali risale al 1220.
Ranuccio Farnese, nipote di Papa Paolo III, Gran Priore di Venezia nel 1540 e poi cardinale, fece redigere un elenco dell’archivio nel 1549. Fra’ Guglielmo Balbiano da Chieri, Gran Priore, nel 1681 dispose la compilazione di un nuovo indice in due volumi. Nel 1703 il Gran Priore Fra’ Roberto Solari, di Asti, provvide a una nuova disposizione dell’archivio, e, scartati gli atti non ritenuti necessari, fece classificare i documenti in ordine di Commende. Nuovi riordinamenti dispose nel 1757 il Gran Priore Fra’ Antonio Dal Pezzo, di Salerno, e successivamente il Gran Priore Fra’ Francesco Maria Boccadiferro, il quale ne affidò l’incarico a Filippo Vannucchi che lo compi nel 1786.
Quando, nel 1806, il Gran Priorato venne soppresso, i documenti parte vennero trasferiti all’Archivio di Stato dei Frari, parte ritirati dal Ricevitore Commendatore Fulvio Alfonso Rangone e parte dal suo segretario Donato Antonio Rota Merendis. Il Rangone, morendo nel 1843, lasciò erede il Nobil Homo Filippo Duodo il quale ebbe anche le carte dell’archivio e le affidò al Cavaliere Taddeo Scarella, che rappresentava il Gran Priore Cappellari della Colomba (lo Scarella lasciò poi alcuni stabili al Gran Priorato, costituendo un legato per sopperire alle spese di culto della chiesa, legato che sussiste tutt’ora). I documenti custoditi dal Rota Merendis passarono, alla di lui morte, al fratello Giovanni Maria che li affidò in deposito al cappellano Mons. Pianton, pretendendo in ricompensa della successiva restituzione di essere ricevuto nell’Ordine in qualità di Donato.
Verso la metà dell”800 pervennero all’archivio del Gran Priorato di Venezia anche le carte del Gran Priorato di Lombardia, che si trovavano presso la Ricetta di Milano (quelle della Ricetta di Torino finirono nell’Archivio di Stato di quella città). L’archivio infatti della Ricetta milanese fu custodito dal Cancelliere di quel Gran Priorato Dott. Antonio Castiglioni fino al 1831, anno della sua morte; la vedova, Costanza Lavagna, le offrì al Luogotenente di Gran Maestro Fra’ Antonio Busca, che risiedeva a Ferrara. Ma non se ne fece nulla, e nel 1836 i documenti furono ritirati dal rappresentante dell’Ordine in Milano Balì Fra’ Cristoforo Ferretti che ne diede notizia al governo, il quale ordinò la consegna al Magistrato Camerale della parte concernente i beni incamerati, e al Gran Priorato a Venezia del resto: così fu fatto nei 1846.
Un primo sommario ordinamento di tutte queste carte venne dato, per ordine del Gran Priore Cappellari della Colomba, dal Donato Carlo Botti.
Ma il Gran Priore Fra’ Guido Sommi Picenardi fu poi veramente benemerito per aver dato, fra il 1884 e il 1886, una razionale disposizione all’archivio. Lo stesso Gran Priore in seguito, attraverso pratiche pazienti e tenaci, ottenne nel 1896 la restituzione dall’Archivio di Stato dei Frari di un primo gruppo di documenti, e nel 1903 di tutto il resto, così che l’antico archivio del Gran Priorato di Venezia poté essere nuovamente riunito al palazzo dí Malta.
È certamente raro e forse l’unico degli archivi dei Priorati esistenti prima della devastazione dell’epoca napoleonica che si sia conservato e sia ancora in possesso di un organismo dell’Ordine. Esso è ricco di documenti importanti e interessanti, ma purtroppo pressoché inesplorato, almeno nella sua parte più antica.
L’Archivio del Gran Priorato è ordinato in trentacinque classi. Il più antico documento risale al 1220 ed è una bolla di Papa Onorio III che concede privilegi all’Ordine nei confronti dei vescovi francesi; altre numerose bolle papali antiche vi sono conservate, fra le quali una di Leone X che ratifica un arbitrato per derimere una questione sorta fra il Priorato di Venezia e la vicina Scuola dalmata dei Santi Giorgio e Trifone. È interessante il carteggio relativo a un incidente diplomatico fra l’Ordine e la Repubblica Veneta negli anni posteriori al 1670, originato dal fatto che navi melitensi naviganti in vista di Cerigo, isola a sud di Creta, possesso veneto, avendo visto alcuni animali pascolanti presso la spiaggia, sbarcarono e dopo avere disarmato alcune guardie se ne impossessarono, probabilmente per arricchire un po’ le non laute razioni di bordo. Il legato dell’Ordine a Venezia fu chiamato a comparire davanti al Doge e al Collegio per sentirne le rimostranze, le quali furono trasmesse a Malta che rispose dichiarandosi all’oscuro del fatto. La vertenza andò per le lunghe, fu nominata una commissione paritetica di indagine, composta da ammiragli; ma alla fine tutto fu appianato, con reciproche dichiarazioni di cordialità.
Interessante è il cerimoniale che regolava le udienze del legato melitense in palazzo Ducale; vi si recava con un corteo di gondole, egli sedeva nella prima, di gala, dorata; seguivano altre col seguito, la «negrorîa» e gondole comuni. Altro cerimoniale prevedeva le formalità per lo scambio delle visite fra il legato dell’Ordine e gli altri rappresentanti diplomatici accreditati presso la Serenissima. Una relazione descrive la presentazione delle credenziali del rappresentante dell’Ordine in Francia al re Luigi XIV, con la dettagliata relazione del solenne ricevimento a Versailles.
La classe intitolata «ospitalità» contiene carte riguardanti l’antico ospedale giovannita di Santa Caterina in Venezia, e analoghi ospedali a Milano, Roma, Napoli e Gerusalemme, e l’albergìa della Lingua d’Italia a Malta.
Di alto interesse è il contenuto della classe «Armamenti, Squadra, Commercio, Corsari, Prede e Schiavi».
Dal 1282 risale la serie delle carte relative ai Donati, fregiati della Croce ottagona priva del braccio superiore.
Alla fine del secolo scorso si calcolavano in circa 700 i processi araldico genealogici relativi a Cavalieri ricevuti nell’Ordine, con prove nobiliari di ben 2800 famiglie. Negli ultimi decenni l’Archivio è stato arricchito dalle copie di molti processi, il cui originale è stato trasmesso a Roma.
