La grande table (cm 216 x 199) portant l’inscription IOANNES BELLINUS. P.[lNXIT] dans un tract apposé sur le podium rocheux sur lequel se dresse saint Jean-Baptiste, il a subi des vicissitudes auxquelles son état de conservation était facilement imputable considérablement compromis avant la récente restauration.
L’œuvre fut commandée en 1500 et livrée en 1504. Le retable – qui était peut-être à l’origine complété par une lunette – ornait le maître-autel de l’église du Prieuré, comme en témoignent à la fois Carlo Ridolfi en 1648 et Giustiniano Martinioni en 1663.
Confisqué dans les entrepôts de l’Académie au moment de la suppression du Grand Prieuré de Venise, les archives de 1822 attestent qu’il est présent dans le « dépôt de la Commanderie de Malte » en mauvais état de conservation.
Il a été déplacé à l’église Saint-Jean-Baptiste de l’Ordre de Malte pour laquelle il a été peint à l’origine et en 1928, il a été placé dans un cadre monumental néo-Renaissance en bois doré commandé par le Grand Prieur Fra’ Carlo Torrigiani.
Au cours de la période de deux ans 2013-2014, dans le cadre des vastes restaurations de la Grande Église Prieurérale qui ont mis en lumière sa splendeur, le chef-d’œuvre de Bellini a été restauré par Sandra Pesso, après des recherches préparatoires approfondies par radiographie numérique, réflectographie infrarouge et fluorescence ultraviolette qui ont fait ressortir les travaux préparatoires.
Cette intervention a ainsi permis de lire la tendance des coups de pinceau et les signes du bout des doigts de l’artiste et de retrouver et de mettre en valeur la haute qualité picturale originale dans laquelle se détachent les couleurs du paysage de la vallée du Jourdain.
Saint Jean est représenté dans l’acte de baptiser le Sauveur dans les eaux du Jourdain, en présence d’un chevalier Giovannita identifiable chez le client Fra’ Sebastiano Michiel et de deux anges.
Le schéma de composition et les figures, à l’exception du client, suivent le modèle utilisé par Bellini dans le baptême du Christ peint pour l’autel par Giovan Battista Graziano Garzadori dans l’église de Santa Corona à Vicence. C’est précisément l’analogie compositionnelle avec le retable Garzadori qui suggère l’hypothèse que le panneau de saint Jean-Baptiste de Malte a été complété à l’origine par un panneau supérieur représentant le Père éternel.
Récemment, on a émis l’hypothèse que la lunette est celle qui surmonte aujourd’hui le retable de la Vierge à l’Enfant trônant peint au milieu du XVe siècle par Fra Antonio da Negroponte conservé dans l’église voisine de San Francesco della Vigna.