L’église de San Giovanni Battista dei Cavalieri di Malta à Venise, mieux connue des Vénitiens comme l’église de San Giovanni dei Furlani pour la présence nombreuse de la communauté frioulienne dans la région, doit sa délimitation actuelle à la restauration effectuée par le Grand Prieur Fra’ Sebastiano Michiel entre 1498 et 1505 qui en l’an 1500 a commandé au maître Giovanni Bellini le célèbre retable représentant le baptême de Jésus-Christ où aux pieds du Seigneur nous trouvons le client représenté.
Le maître-autel, conçu au début du XVIe siècle par le célèbre architecte vénitien Jacopo Sansovino, provient de l’église de San Geminiano qui était située sur la Piazza San Marco, en face de la basilique, et qui a été démolie au début du XIXe siècle pour permettre la construction du Palais Royal, qui abrite aujourd’hui le musée Correr. Il a été restauré en 2020 en mettant en lumière la couleur d’origine.
Dans le presbytère sur les murs latéraux sont dessinées plusieurs croix de Malte auxquelles sont accrochées les armoiries du Supérieur et des chevaliers et aumôniers profès qui font partie du Grand Prieuré: dans ceux du côté gauche, les croix sont accompagnées d’un chapelet et sont réservées aux profès de vœux solennels; ceux du côté droit sont plutôt destinés aux profès de vœux simples.
Également sur le mur droit du presbytère se trouve une grande icône de la Bienheureuse Vierge Nikopeia, patronne de Venise, du peuple vénitien et de ce Grand Prieuré.
Dans la partie antérieure de la nef nous trouvons les monuments funèbres de l’Archiduque Frédéric d’Autriche et de Fra’ Bertucci Contarini ainsi qu’un haut relief très ancien où sont représentés la Vierge avec l’Enfant Jésus, Sainte Catherine d’Alexandrie (Patronne de la Langue d’Italie de l’Ordre de Malte) et Saint Jean Baptiste avec un chevalier agenouillé. Sur les deux côtés nous avons une sainte et un ange.
Au milieu de la nef se trouvent deux autels latéraux dédiés respectivement à l’Immaculée Conception de la Vierge et à Sainte Filomène.
Dans le chœur, il y a l’ancien orgue qui est encore utilisé lors des fonctions religieuses et des concerts.
